Programoje buvo preliminariai numatyti 437,8 mln. litų, kurie turėjo būti skirti muziejų pastatų remontui, ekspozicijų ir saugyklų įrangos bei biuro technikos įsigijimui, apsaugos modernizavimui, eksponatų įsigijimui, kultūros vertybių paieškai užsienyje, konservavimo ir restauravimo darbų poreikio analizei. 2011 m. kovo 31 d. Lietuvos Respublikos valstybės kontrolė pradėjo auditą, kuriuo buvo siekta išsiaiškinti, ar ši programa yra efektyvi ir kryptingai vykdoma. Auditas baigėsi 2012 m. sausio 16 d.

 Kontrolės ataskaita rodo, kad modernizavimo programa nepateisino lūkesčių. Anot jos, programa neturi muziejų plėtotės strategijos, tikslai neorientuoti į konkretų rezultatą, lėšų poreikis numatytas ne visoms priemonėms, muziejų materialinės bazės atnaujinamos ir restauruojamos neturint konkrečių prioritetų, Į skaitmeninę formą perkelta 6 proc. turimų muziejinių vertybių (eksponatų), šviečiamąsias programas vykdo ne visi muziejai, neužtikrinamas tęstinis muziejininkų kvalifikacijos kėlimas. Todėl neefektyviai vykdoma programa kelia tam tikrą grėsmę muziejų išlikimui.

Lietuvos nacionalinio muziejaus, kuris yra didžiausia ir viena seniausių šalyje istorinio paveldo saugykla, direktoriaus pavaduotojo muziejininkystei Žyginto Bučio nuomone, ši programa yra taisytina ir išvis kyla klausimas, ar galima ja įvardinti kaip modernią? Ž. Bučys teigia, kad nėra apibrėžta, kas yra „modernu“ ir kas ne, todėl disponuoti tokiomis sąvokimis nereikėtų. „Programa konkrečios naudos atnešė tik pastatų renovacijos ir apsaugos sistemų kūrimo srityje. Tačiau pati restauracija vis netaikytina ir kai kuriems tikrai apverktinos būklės pastatams, kadangi dauguma muziejų yra įsikūrę istoriniuose, senuose pastatuose, kuriems reikia remonto. Centriniams muziejaus rūmams taip pat jau reikėtų renovacijos. Laikas praėjęs.“

 Anot direktoriaus pavaduotojo, muziejaus poreikiai eksponatams yra dideli, ieškomi reikšmingi objektai, kurie yra brangūs. Įsigytas jų kiekis iš tiesų yra mažas. Ypač mažai lėšų skiriama būtent eksponatų įsigijimui. Kol programa veikė, visiems Lietuvos muziejams per metus buvo skiriama 500000 litų, iš kurių 25 procentai buvo skiriami šiuolaikinio meno objektų pirkimui. „Atimkite tuos 25 procentus ir bendrai visų muziejų eksponatų įsigijimui lieka juokinga pinigų suma“. „Ar čia modernizavimas?“, –   retoriškai klausia direktoriaus pavaduotojas muziejininkystei.

Taip pat neskiriama pakankamai dėmesio muziejininkų kvalifikacijos kėlimo procesui. Lietuvoje išvis nėra muziejininkų kvalifikacijos kėlimo sistemos. Trūksta komandiruočių, paskaitų, kurių metu specialistai galėtų pasisemti patirties. Tačiau, anot pavaduotojo muziejininkystei, kitais metais VU Komunikacijos fakultete turėtų atsirasti Muzeologijos katedra, kuri pradėtų ruošti šios srities specialistus.

 Ž. Bučys teigia, kad programos neefektyvumas yra susijęs su tuo, kad programa iš esmės nebuvo tvirtai finansiškai stabili, kadangi pinigai buvo tik preliminariai numatyti. Prasidėjus ekonominei krizei Lietuvoje, žadėti pinigai tiesiog nebuvo skiriami.

Valstybės kontrolė pataria Kultūros ministerijai kryptingai laikytis programos plano likusius 3 metus iki jos pabaigos. Rekomenduojama nustatyti kokybinius reikalavimus muziejų pastatams, ekspozicijoms, valdymui ir paslaugoms, kvalifikacinius reikalavimus muziejininkams, atnaujinti programą pagal strateginio planavimo metodikos reikalavimus ir kasmet tikslinti priemonių planą, siekiant išsaugoti muziejines vertybes efektyviai naudoti valstybės biudžeto lėšas, parengti ir patvirtinti planavimo dokumentą, nustatant darbų eiliškumą ir vykdytojus.

Muziejų modernizavimo programą galima įvardinti kaip didelių užmojų ir siekių turėjusį projektą, kurio įgyvendinimas dėl tam tikrų organizacinių priežasčių ir ekonominių sunkumų buvo vykdomas neefektyviai. Optimalus rezultatas nebuvo pasiektas.